De structuur van de carrosserie van de CITROËN C1 zorgt voor een uitstekende bescherming van de inzittenden:
- de blokken voor- en achteraan bestaan uit langsdragers met geprogrammeerde kreukelzones;
- de vloergroep en de voorruitstijl werden speciaal ontworpen om de energie te absorberen en naar de achterzijde van de auto af te leiden;
- de verstevigingsbalken in de deuren beschermen de passagiers bij zijdelingse aanrijdingen.

De CITROËN C1 kan worden uitgerust met zes airbags voor een optimale bescherming van alle passagiers:
- twee frontale airbags (de passagiersairbag kan worden uitgeschakeld om voorin een kinderzitje te kunnen plaatsen);
- twee zijairbags om de thorax en de buik van de passagiers te beschermen;
- twee hoofdairbags om het hoofd van de inzittenden voor- en achterin te beschermen.

De CITROËN C1 is voorzien van een zeer compleet remsysteem:
- twee geventileerde remschijven vooraan;
- een ABS (antiblokkeersysteem) dat de remdruk elektronisch regelt om te vermijden dat de wielen blokkeren;
- een elektronische remkrachtverdeler (EBD) die de remdruk tussen de wielen in evenwicht brengt;
- een CSC (stabiliteitscontrole in de bocht) die bij het remmen in de bocht de te volgen baan stabiliseert. 

De ESP (Electronic Stability System) garandeert een optimale controle over de auto in de meest delicate situaties.
Hij stabiliseert de baan bij gripverlies in de bochten door in te werken op de remkrachtverdeler en het motortoerental. Indien u wenst, kunt u de CITROËN C1 met dit systeem uitrusten.

Op de neerklapbare achterbank kunnen twee kinderzitjes in alle veiligheid met Isofix-bevestigingspunten worden vastgezet.