De automatische airconditioning zorgt voor een aangenaam klimaat in de CITROËN C6. De bestuurderszone en passagierszone kunnen apart van elkaar worden geregeld. Het rooster in het midden op het dashboard zorgt voor een gelijkmatige zachte luchtstroom. De passagiers achterin kunnen zelf de warme of koude lucht regelen. Bovendien beschikt het systeem over een zonnesensor, waardoor er rekening wordt gehouden met de warmte die de zon afgeeft in de cabine.